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理学院成立于1999年８月，以1949年建校的佳木斯师范专科学校数学系、物理系、地理系为主体，将1958年建校的佳木斯工学院、1947年建校的佳木斯医学院和1985年建校原佳木斯大学三所学校的数学、物理教研室并入而成。