理学院成立于1999年8月,以1949年建校的佳木斯师范专科学校数学系、物理系、地理系为主体,将1958年建校的佳木斯工学院、1947年建校的佳木斯医学院和1985年建校原佳木斯大学三所学校的数学、物理教研室并入而成。